2000'li yıllara kadar Ekinlik adasına ulaşım Avşa adası üzerinden yapılmaktaydı. 60'lı yıllarda Marmara ve Avşa adasının İstanbul ile bağlantısı Denizcilik Bankasının işlettiği 1952 yılı Hollanda (Rotterdam) yapımı Ms Gemlik ve MS Ayvalık gemileri tarafından sağlanmaktaydı. O yıllarda Avşa adasında bu gemilerin yanaşabileceği boyut ve derinlikte bir iskele olmadığı için gemiler adanın açığında demirlerler ve yolcular ufak balıkçı sandalları tarafından alınarak Avşa veya Ekinlik adasına taşınırlardı. MS Gemlik Gemisi 1988 yılında çıkan bir yangın sonucu kullanılamaz duruma gelmiştir. MS Ayvalık ise 1990 hizmet dışı bırakılmış ve Aliağa tersanesinde sökülmüştür.

70'li yılların sonlarında İstanbul Marmara-Avşa hattında 1975 ve 1976 Haliç Tersanesi yapımı Avşa ve Uludağ gemileride çalışmaya başladı. 1990 ların sonlarında Bu gemilerin yerini 1994 Haliç tersanesi yapımı Mavi Marmara gemisi aldı. 2000 li yılların sonlarına doğru Mavi Marmara gemisi de bu hattan çekildi.

Bu gemiler İstanbul-Marmara adasi arasini 5-5.5 saatte alıyorlardı. 1980 lerin başlarında süreyi kısaltmak amacı ile Erkal Deniz otobüsleri aynı hatta çalısmaya başladı. Gemilerden yaklasık olarak iki kat hızlı olmalarına rağmen yüksek bakım ve işletme maliyeti nedeni ile kısa sürede bu hattan çekildiler. 1990'ların ortalarında İstanbul şehir içi hatlarında kullanılan ve daha modern yapıdaki deniz otobüsleri (İDO) bu güzergahta kullanılmaya başlandı.

Günümüzde Ekinlik adasına anakaradan doğrudan ulaşım, GESTAŞ Deniz Ulaşım Tur. Tic. A.Ş.'nin işlettiği arabalı vapurlar ve küçük özel işletmeler (Ömer kaptan, Özkaptan) tarafından işletilen ve araç taşıyabilen motorlar ile Erdek ve Tekirdağ üzerinden sağlanmaktadır. Gestaş seferleri kış ve yaz aylarında haftada iki-üç defa olmak üzere Erdekten, Araç taşıyabilen diğer motor servisleri ise yaz mevsiminde hergün olmak üzere Tekirdağ'dan adaya çalışmaktadır. Bunun yanında Ekinlik ile Avşa adası arasında sürekli motor seferleri vardır.

Bununla birlikte İstanbul'dan, Erdek'ten, Tekirdağ'dan ve Silivri'den Avşa'ya tarifeli feribot seferleri mevcuttur.

İstanbul'dan Avşa’ya deniz otobüsü ile 3 saatte ulaşılabilir. Tekirdağ ve Erdek'ten Ekinlik'e ulaşım da yaklaşık 3 saat sürmektedir.